Hôm đó, 25/5/1979, bố mẹ cho phép Etan tự đi bộ tới bến xe buýt cách nhà 500 m, ở quận Manhattan, thành phố New York, theo mong ước của cậu từ lâu.
Etan là cậu bé ngoan, được hàng xóm yêu mến. Sáng 25/5/1979, cậu mặc áo màu xanh, quần sọc vằn, mang chiếc túi có hình chú voi đầy ngộ nghĩnh với dòng chữ "Cơ trưởng tương lai".
Một người phụ nữ sống gần bến xe cho biết có nhìn thấy Etan đứng ở góc đường, đang chuẩn bị đi qua đường. Người đưa thư cũng nhìn thấy cậu đi qua đường. Họ là những người cuối cùng nhìn thấy Etan.
Xe buýt của trường đến lúc 8h, dừng trên đường West Broadway. Các em học sinh chen nhau đi lên nhưng không có Etan. Đến giờ học, giáo viên chủ nhiệm mới phát hiện cậu bé vắng mặt nhưng không báo cho những người có trách nhiệm và cha mẹ. Bà Julie vẫn yên tâm rằng con trai đang học ở trường. Đến buổi chiều, xe lại dừng trên đường West Broadway. Người hàng xóm thường đón con gái nhân thể đón luôn Etan đã băn khoăn khi không thấy cậu bé. Cô con gái nói với bố việc hôm nay Etan không tới lớp.
Nhận định đây là vụ bắt cóc trẻ em, cảnh sát triển khai tìm kiếm ngay tối hôm đó. Gần 100 cảnh sát rải đi khắp các khu vực lân cận, gõ từng nhà hỏi thăm về cậu bé. Nhà chức trách áp dụng mọi biện pháp, dùng cả chó nghiệp vụ và trực thăng "quét" khắp vùng Manhattan. Ở ao, hồ, sông, lực lượng chức năng cũng dùng thuyền tìm kiếm.
Poster in hình Etan được dán ở khắp nơi. Một manh mối hé ra, hôm 27/5, một người tới đồn cảnh sát nói đã nhìn thấy cậu bé như mô tả trong các poster đang nói chuyện với một người đàn ông trông rất khả nghi tại cửa hàng gần trạm xe buýt. Người đàn ông đó mặc đồ trắng, khoảng 40 tuổi, mặt có tàn nhang và tóc vàng xơ xác. Cảnh sát tìm kiếm theo những gì nhân chứng mô tả nhưng không có kết quả.
Tới năm 1982, cảnh sát ở Bronx đã bắt được một kẻ tình nghi trong vụ án hiếp dâm trẻ em. Hắn là Jose Antonio Ramos, thất nghiệp, lang thang, ai cũng phải đề phòng khi gặp nhưng giọng nói lại rất nhẹ nhàng và lịch sự.
Cảnh sát đã bắt Jose với cáo buộc dụ dỗ 2 cậu bé. Nhà của hắn là một ống cống, có vài bức ảnh của các bé trai, phần lớn là hình một cậu bé có mái tóc màu vàng rất giống Etan.
Bị hỏi về Etan, Jose tỏ ra không biết gì nhưng khai có biết một người phụ nữ đã đi cùng với Etan tới bến xe buýt mỗi sáng hàng ngày. Đó chính là người giúp việc của gia đình Etan.
Các nhân viên cảnh sát phải rà soát, kết nối tất cả vấn đề có liên quan Etan. Họ thẩm vấn Jose về mối quan hệ của hắn với người giúp việc cho gia đình Etan nhưng tên này từ chối không nói bất kỳ điều gì. Tuy nhiên, ít nhiều Jose cũng khai năm 1979, thời điểm Etan mất tích, hắn đã tán tỉnh và quan hệ với người giúp việc này.
Còn người giúp việc khai đã quen với Jose vào năm 1979. Vào thời điểm đó Jose thuê một căn hộ ở Lower East Side. Bà buồn bã khi tiết lộ rằng việc Jose theo đuổi và tán tỉnh bà chỉ là để tiếp cận với con trai bà mà hắn đã lạm dụng tình dục một vài lần. Nhưng bà đã không kiện hắn.
Jose là tên tội phạm nguy hiểm nhưng cảnh sát không có đủ bằng chứng để kết tội hắn. Năm 1985, qua rà soát các hồ sơ còn tồn đọng, một lần nữa cảnh sát liên bang quyết định phải phá được vụ án bé Etan mất tích. Khi đọc hồ sơ của Jose, các điều tra viên bám sát vào kẻ này để tìm manh mối. Vào thời điểm đó, Jose đang ở nhà tù Rockview Penitentiary ở Pennsylvania về tội dụ dỗ và lạm dụng tình dục trẻ em.
Làm việc với điều tra viên về cậu bé Etan, thỉnh thoảng hắn tỏ ra cộng tác, nhiều lúc lại ngây ngô và bất cần đời. Jose thú nhận đã đi cùng Etan vào ngày cậu mất tích nhưng lại khăng khăng không làm hại gì. Hắn khẳng định chắc chắn rằng đã để cậu bé lại ở bến tàu điện ngầm. Vụ án lại chìm vào bế tắc khi cảnh sát một lần nữa không có đủ bằng chứng để kết tội Jose.
Tuy nhiên, đến năm 2012 vụ án tưởng chừng rơi vào quên lãng được khơi lại sau khi Pedro Hernandez thú nhận với nhóm tín đồ rằng anh ta đã giết một đứa trẻ ở New York vào năm 1979, cùng thời điểm Etan mất tích. Anh rể của Pedro tới đồn cảnh sát trình báo.
Lực lượng chức năng đến nhà của Pedro ở Maple Shade, New Jersey, thẩm tra tên này trong hơn 6 giờ. Cuối cùng, Pedro thừa nhận "bóp cổ nạn nhân Etan cách đây 33 năm trong tầng hầm" của một cửa hàng tạp hóa tại Manhattan nơi hắn làm việc. Lời thú tội được xem là một bước đột phá không ngờ trong vụ án mạng bí ẩn suốt bao năm không manh mối này.
Pedro hắn dẫn các điều tra viên của Sở Cảnh sát New York tới hiện trường vụ án - nơi trước đây là cửa hàng tạp hóa và nay đã đổi thành tiệm bán kính. Theo lời khai của Pedro, hắn đã dùng sô-đa dụ dỗ Etan, đưa cậu bé tới tầng hầm, siết cổ. Thi thể được nhét trong một túi nilon và bỏ vào thùng rác. Lúc gây án, Pedro chỉ mới 18 tuổi.
Tuy nhiên, luật sư của Pedro cho rằng lời khai trên không đáng tin khi mà Pedro đang điều trị tâm thần. Tuy nhiên, các chuyên gia đặc biệt đã thẩm vấn Pedro và ra kết luận hắn không bị tâm thần và bồi thẩm đoàn có thể tin vào lời khai của hắn. Họ còn cung cấp nhiều đoạn video cho thấy hắn sinh hoạt hoàn toàn bình thường và cũng chưa từng khai báo bị bệnh tâm thần.
Pedro đã kết hôn và có một con gái tuổi vị thành niên. Hồ sơ cá nhân của hắn rất trong sạch, không tiền án, tiền sự. "Có một thế lực bí hiểm nào đó đã điều khiển tôi. Tôi rất muốn nói với ai đó nhưng không biết phải làm thế nào. Tôi cảm thấy rất có lỗi", Pedro chia sẻ.
Vị trí thi thể của Etan vẫn là một điều bí ẩn. Do vậy, nhóm điều tra không thể khám nghiệm để có đủ chứng cứ khoa học, biện luận cho giả thuyết của họ. Tuy nhiên, bồi thẩm đoàn cho biết lời thú tội của Pedro với cảnh sát và lời khai của nhóm người tín đồ đã định đoạt số phận anh ta.
Tháng 4/2017, Pedro bị kết tội Giết người cấp độ 2 và Bắt cóc cấp độ 1 với hình phạt từ 25 năm đến chung thân.
Suốt hơn 40 năm qua, vụ mất tích bí ẩn của Etan đã gây ám ảnh cho các nhà điều tra Mỹ đến mức một người đã tự sát vì không thể tìm ra manh mối nào. Ảnh của cậu bé được in trên các hộp sữa, và ngày cậu mất tích trở thành ngày Trẻ em mất tích toàn quốc của Mỹ.